嘉兴学院和嘉兴学院南湖学院区别有：

成立时间不同、院系不同、类别不同、地址不同。嘉兴学院成立于2000年3月，而嘉兴学院南湖学院成立于2003年；

嘉兴学院主要系有商学院、数学和信息工程学院等，嘉兴学院南湖学院主要系有化学纺织系、机械工程系、人文系、商学院、数理系、医学系等；

嘉兴学院属于公立大学嘉兴学院南湖学院属于独立学院，南湖学院是嘉兴学院下的独立学院