牡丹江站坐落于牡丹江市光华街与太平路交汇处、牡丹江市北部城区的核心位置。与原火车站一体连接。

牡丹江市是黑龙江东南部的交通枢纽，正因如此有多条快速铁路和高速铁路途经牡丹江，牡丹江市区的高铁站就是西安区的牡丹江火车站，这也是牡丹江市区仅有的一座客运火车站，牡丹江境内几乎所有铁路都交汇于这座火车站，因此牡丹江火车站的枢纽地位还是非常重要的。