南通市有南通大学，南通职业大学，南通大学杏林学院。南通大学是江苏省人民政府和国家交通运输部共建的综合性大学，江苏省十五所重点建设大学成员，教育部“卓越医生教育培养计划”、“卓越教师培养计划”试点高校。南通职业大学是一所经省政府、教育部批准设置的具有工、文、管理和艺术类的综合性全日制普通高校，是全国办学历史最长的高等职业院校之一、国家建设类技能型紧缺人才培养试点高校。南通大学杏林学院是经国家教育部批准设置的独立学院，以南通大学钟秀校区和启东校区作为办学校园，占地面积419.3亩。