云南云开大学共有两个校区，第一个校区在五华区，是校本部，另一个在呈贡县雨花大学城。

其中因为五十年代的院系调整，部属云南大学一些重要而有特色的系科，如航空、土木、法律、铁道等被划出并入当时的北京航空学院、四川大学、西南政法学院、长沙铁道学院等高校；工、医、农等先后独立建校，并逐步发展为今天的昆明理工大学、昆明医科大学、云南农业大学、西南林业大学等高校。