1942年暨南大学没有停办。

1942年1月，国民政府教育部决定将所有尚未撤出上海沦陷区的高校全部合并，撤退至浙江境内组建“国立东南联合大学”，由暨南大学校长何炳松担纲主持。最终暨南大学、上海美专、上海法学院、大同大学成建制撤退，其他未能撤退的高校亦有部分学生随同撤退。学校先期撤退至浙江金华，最终撤退到福建建阳。

1943年6月，东南联合大学的文理商三学院和先修班并入国立暨南大学，法学院和艺术专修科并入国立英士大学。