1958年又与新建的杭州大学合并，定名杭州大学。浙江大学的农学院单独分出成立浙江农学院，1960年更名为浙江农业大学；浙江大学的医学院与浙江省立医学院合并，成立浙江医学院，1960年更名为浙江医科大学。

1998年，杭州大学、浙江农业大学、浙江医科大学与浙江大学再次合并组建新的浙江大学。