重庆交通大学专业有土木工程、水利工程、交通运输工程，这三个学科均有博士授权点和科研流动站，其实涉及的在山区桥隧、路基路面、内河港航、单轨交通、运输物流等学术领域都是拿过了国家级科技进步奖的。

国家级的研究中心如下：国家工程技术研究中心 国家内河航道整治工程技术研究中心 国家重点实验室培育基地 山区桥梁与隧道工程省部共建国家重点实验室培育基地国家地方联合工程实验室 交通土建工程材料国家地方联合工程实验室