东南大学前身可以追溯到1902年的三江师范学堂，1952年，以原南京大学工学院为主体，并入复旦大学、交通大学、浙江大学、金陵大学等学校的有关系、科，建立南京工学院。

1988年5月，学校更名为东南大学。

2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校、南京地质学校合并组建新的东南大学。