德国海德堡大学校徽及含义现今之校徽即源自当时的大学印信。初期大学以Augustiner修道院与Franziskaner修道院作为教室。为解决校舍不足的问题，选帝侯鲁普莱希特二世驱逐城里的犹太居民，将其遗留的房舍赠予大学，继任的统治者鲁普莱希特三世并捐赠资金，以缓解财务困难。

圣灵教堂自创校初始即为大学教堂，直至19世纪被彼得教堂所取代。海德堡大学教堂一批巴黎大学与布拉格大学之学者为逃避战火与宗教纷争而成为海德堡大学第一批教授。海德堡大学第一任校长即是原巴黎大学教授Marsilius von Inghen。