中国科学院深海科学与工程研究所，位于中国海南省三亚市鹿回头半岛，是中国科学院2011年启动筹建，由海南省人民政府、三亚市人民政府和中国科学院三方联合共建，直属中国科学院的科研事业单位。

2017年8月，中科院依托深海所，筹建中科院深海技术创新研究院。