武大附中是一个独立的单位，就好像武大大学部的经管院、新闻院一样，是个独立单位，并且与之平行，由武大高层领导直接管辖。而具体涉及到教育、后勤、财务等等方面的又由教务部、后勤集团、财务部等专项职能部门管辖。需要指出的是，武大附中和别的中学比如水果湖、省实验等不一样，其他学校是由区或市教育局管辖的，而武大附中不归市教育局管，而归武大大学部管，而武大又是中央直属管辖，不归地方政府管。