南通大学现在一共有四个校区，分别是啬园校区，钟秀校区，启秀校区和启东校区，其中，啬园校区是主校区，文学院，理学院，外国语学院，马克思主义学院，电气工程学院，纺织工程学院等都在啬园校区。

启秀校区主要是医学类专业，包括临床医学，护理学等专业。钟秀校区以艺术类专业为主。启东校区主要是独立学院，即杏林学院。

主校区有中文理工外语生化等专业，启秀校区有医学药学检验等专业，启东校区有杏林学院各专业。