2004年，筹建内蒙古医科大学金山校区，2006年，完成金山校区总建筑面积147500平方米的建设

学校位于呼和浩特市，成立于1956年，原名内蒙古医学院，是新中国在少数民族地区最早建立的高等医学院校之一，当时隶属于国家卫生部，1958年划归内蒙古自治区管理。

2012年3月，经教育部批准，更名为内蒙古医科大学

截至2020年1月，学校有金山校区、新华校区、锡林校区三个教学园区