本三和本二除了学费跟毕业证没有太大区别。

主要看你想做什么了。现在的运动康复毕业生主要在体训队当队医（体院毕业），还有在医院康复科做康复治疗师（医学院毕业）。就业目前不错，待遇一般偏上。