肯定是南京医科大学好。

在第四轮学科评估中，南京医科大学的公共卫生与预防医学获评A+，临床医学、口腔医学、基础医学均获评B+，该校有7个学科进入ESI全球排名前1%。皖南医学院有国家级特色专业建设点1个、省级特色专业建设点8个、省级人才培养模式创新实验区1个、省级示范实验实训中心3个、省级专业综合改革试点3个、省级卓越人才教育培养计划3项。

两校学科对比，相差还是比较大的。