本人生物工程专业，大概对比下两个专业的专业课程内容你就会大概了解它们的区别了：

生物工程：研究生物产品工业化的基础、设备、技术等

主要专业课：生物工艺学，微生物学，细胞生物学，化工原理，生物化学，分子生物学，生物分离工程等

制药工程：研究药品研发的基础、工艺、技术等

主要专业课：化工原理，药物化学，GMP，药剂学，药理学，药物分析，药物化学等