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云南农业大学共有20个学院，涵盖了生物技术、农学、种子科学与工程、智慧农业、中草药栽培与鉴定、动物科学、蜂学、水产养殖学、草业科学、动物医学、兽医公共卫生、农学与生物技术、植物保护与生物农药、林业科学、园艺、茶学、农学与经济作物、食品科学与工程、生物信息学和农业工程等学科专业。