2022年，南通大学最新排名全国第166名（2022年综合排名数据）。

排在南通大学前3位的分别是：石家庄铁道大学（综合排名：162）、安徽工业大学（综合排名：163）、中央戏剧学院（综合排名：164）；排在后3位的分别是重庆交通大学（综合排名：167）、临沂大学（综合排名：169）、上海海洋大学（综合排名：170）。

目前国内没有权威的大学排行榜单，按艾瑞深中国校友会大学排行榜公布的数据看，南通大学2021年全国排名第181位。

按武书连大学排行榜看，南通大学2021年全国排名第108位。

按软科排名版大学排行榜看，南通大学2020年全国排名第146位。

按USNews中国大学排行榜看，南通大学2021年全国排名第192位。