办学性质不同。山梨学院大学为私立大学，而山梨大学为国立大学。

建校时间不同。山梨学院大学建校于1946年，而山梨大学创立于1949年。

学校英文名称不同。山梨学院大学英文名为Yamanashi Gakuin University，而山梨大学英文名为University of Yamanashi。