元朝皇庆二年（1313年）复科举，诏定以朱熹《四书章句集注》为标准取士，朱学定为科场程式。明洪武二年（1369年），科举以朱熹等“传注为宗”。

朱学遂成为巩固封建社会统治秩序的精神支柱。它强化了“三纲五常”，对后期封建社会的变革，起了一定的阻碍作用。朱熹的学说，也对后来明朝王阳明的心学有深刻的影响。王阳明的知行合一思想正是在朱熹哲学基础上的突破。