吴淞商船专科学校是中国早期航海高等学府之一，它源于创办于1909年的上海高等实业学堂（南洋公学）船政科，清宣统元年（1909年），邮传部尚书盛宣怀鉴于“商业振兴，必借航业，航业发达，端赖人才”，将南洋公学改为高等实业学堂，在南洋公学原设置的路电、土木工程专业外，又增设船政科，办航海一班。

1912年成立吴淞商船学校，校址位于上海吴淞口。

1929年，经停办后正式复校，定名为交通部吴淞商船专科学校，1933年更名为吴淞商船专科学校，1939年因战争而被迫搬迁至重庆，更名国立重庆商船专科学校，1946年更名国立吴淞商船专科学校，1950年更名上海航务学院。

1953年，由上海航务学院、东北航海学院、福建航海专科学校合并成立大连海运学院（今大连海事大学）。

1958年，交通部决定在上海恢复上海航务学院建制，开始筹建工作，1959年9月5日正式开学并命名为上海海运学院（今上海海事大学）。