东京大学是认可国内毕业的硕士的。报考东京大学的博士的前提条件是：接受过18年以上的教育，并且最终学历能够在中国教育部网站上认证。只要你满足以上的基本条件，东京大学就认可国内毕业的硕士学历的。当然，如果报考东京大学的博士，还有其他外语条件和学术条件的要求。但国内的硕士学历是被认可的。