鼓楼校区是老校区，历史气息浓厚，有很多老建筑，著名的拉贝故居就在鼓楼校区，目前作为主要作为研究生阶段学习的校区。分为南北两个校区，北校区教学为主，南校区是宿舍为主。

仙林校区是新校区，比老校区大，楼宇设备新，目前主要作为本科生阶段学习的校区。

两个校区的交通，鼓楼校区从珠江路地铁站进站1号线新街口转2号线到南大仙林校区站下。

南京大学仙林校区在栖霞仙林，鼓楼校区在鼓楼区鼓楼，此为最主要区别。