国债资金项目结余可以通过多种方式处理，其中最常见的方式包括：将结余资金用于加大对当前重点领域的投资，例如教育、医疗、基础设施建设等；将结余资金用于降低财政赤字，以减轻政府债务包袱；将结余资金用于创新型项目研发，促进经济技术的发展。

同时，政府也可以考虑将结余资金用于回购国债、减少募集新债规模等方式，降低财政风险。总之，如何处理国债资金项目结余应当根据当时的政策需要和实际需求情况进行合理分配，充分发挥国债资金的社会效益。