主区别是研究方向上的不同。

畜牧专硕主要研究遗传育种和动物营业两大方面。同时在其他方面也有一定的应用研究，如动物生长发育、环境适应以及动物医学模型等。

兽医专硕主要任务是研究和实施家畜家禽疾病的诊疗、防治、检疫及畜产品卫生检验等。

这两个最大的不同就是畜牧专硕属于动物科技学院，兽医专硕是动物医学院的。具体的研究方向要根据你所报考的老师来进行选择。