不合并

南昌理工学院是一所民办高校，南昌航空大学是一所公办高校，南昌理工学院是一所二本高校，南昌航空大学是所一本大学，南昌航空大学有硕士点，博士点，南昌理工学院没。南昌航空大学的师资力量、教学水平、科研水平都是南昌理工学院不可比的。可以说，这两个学校根本就不在一个层次上。

不合并

南昌航空大学是所公办本科学校，而南昌理工学院是所民办本科学校，目前还没有多少公办和民办合并的事情出现过，而且这两所学校合并也基本不可能。