细菌发酵是利用细菌的特殊代谢途径，把原料转化为目标产物的生物学过程。细菌发酵分为厌氧和好养两种，发酵方式也有很多，产物丰富，种类多，应用光，发酵细菌结构简单，有众多的特殊代谢途径，使得其食谱更粗犷，原料成本更便宜，对环境也敏感，易于改良菌种，目前应用最广的也是研究最深入的就是大肠杆菌