滨州医学院校区共有10个学院，分别是临床医学院、基础学院、特教学院、口腔学院、护理学院、医学人文学院、中西医结合学院、药学院、卫生管理学院和成人教育学院。

其中，临床医学院设有临床医学、医学影像学、麻醉学、医学检验、眼视光学；护理学院设有护理学；人文与社会科学学院设有法学、应用心理学；中西医结合学院设有中医学、中药学。因此，滨州医学院校区的专业设置包括临床医学、护理学、法学、口腔医学、听力与言语康复学、中医学等