重庆万科城三期相较于其他区域房价便宜的原因主要在于其位置相对偏远，位于渝北区东北部，距离主城区较远。交通不便，配套设施不完善，区域内产业发展滞后，缺乏就业机会和人口集聚。

另外，该区域地势较低，存在一定程度的防洪隐患，这些因素综合影响了其房价水平。