南京农业大学更好一些。南京农业大学是教育部直属的全国重点大学，位列“世界一流学科”“211工程”“985工程优势学科创新平台”重点建设高校。该校入选“111计划”“2011计划”“863计划”“973计划”“高等学校创新能力提升计划”“高等学校学科创新引智计划”。海南大学是教育部与海南省人民政府“部省合建高校”、海南省人民政府与财政部共建高校、海南省属综合性重点大学、海南省“国内一流大学建设”重点支持高校，位列世界一流学科建设高校、“211工程”。

海南大学是新兴大学，师資力量不一定有南京农业大学好，南农大是南京大学解放初期拆分的，老資格的211大学。