南通科技职业学院五年一贯制毕业证由南通科技职业学院发放。

通常情况下，毕业证书由所在学校的教务部门或相关机构颁发，而具体由哪个机构颁发则取决于所在学校的规定和程序。因此，南通科技职业学院五年一贯制毕业证是否由联院发放，需要查看该学院的具体规定和程序。