水利水电建筑工程是该校的王牌专业。培养面向水利行业，能从事中小型灌区的规划设计、工程施工及运行管理、各类节水技术的推广应用、大中型水利工程管理等方面工作的高等技术应用性人才，而且的毕业后的就业单位发展空间都特别的好，所以也是王牌专业。

杨凌职业技术学院的王牌专业总共有三个，具体包括对外经贸专业，市场推广与营销专业和高分子材料研究专业。