京东全站营销的扣费方式是根据广告主的设置进行计费。一般采用点击付费（CPC）模式，即广告主每获得一次有效点击，就需要支付相应的费用。费用由广告主竞价决定，竞价越高，广告展示的位置越靠前，获得的点击量越多。除此之外，京东全站营销还支持展示付费（CPM）、互动付费（CPE）等多种计费方式，满足不同广告主的需求。