明代东林书院以“斗士”形象而闻名，政治上斗阉党，学术上则以反王学最为著名。在东林书院的各类文献记载中，王学基本以“末流”“邪学”形象出现。然而，认真考据明代东林书院的修复、兴盛历程，发现事实并非如此。

首先，东林书院的成功修复与阳明、阳明后学的支持分不开；

其次，东林书院的学术传承，无法真正绕开阳明学。其书院制度亦多受益于阳明、阳明后学的书院建设理念与成就；

第三，东林书院陷入党争之时，不少阳明后学奋力奔走挽救，东林党人与阳明后学之间不乏相互欣赏者。两者的矛盾其实仅止于学术立场。在其他方面极为融洽，因此。疏理、澄清二者的关系至为重要。

东林书院继承的是儒家正统学脉,反对王阳明的心学。算是敌对关系。