郑州大学医学院的临床医学专业更好些。

原因是郑州大学的临床医学是经教育部批准的郑大世界一流学科，是郑州大学医学各专业中实力很强，就业率每年很高；南昌大学的临床医学不是世界一流学科；

而且，在全国第四轮学科评估中，郑大临床医学已经是B+，而且，已经进入全球千分之一学科。

南昌大学医学院和郑州大学医学院相比，郑州大学医学院要好些，郑州大学医学实力非常强，郑州大学附属医院实力很强大，在全国都是有名的，同时郑州大学还是国家双一流建设B类高校。