取消证券公司的第三方存管需要向所持有的证券公司提交书面申请，并填写相关表格，同时提供相关证明文件。提交申请后，证券公司将会对申请进行审核，并在通过后进行操作。用户需要注意，取消第三方存管后，交易结算资金将直接流入证券公司账户，而非第三方存管账户。