农业综合开发办公室为财政部下属事业单位。

拟订农业综合开发的方针政策及项目、资金、财务管理制度；编制农业综合开发规划；管理和统筹安排中央财政农业综合开发资金；组织检查农业综合开发项目的执行情况。

县级农业综合开发办公室是根据国家农业开发要求，负责对开发项目的规划、设计、申报、施工、管理、监督和验收等。