本科阶段主要开设课程大体包括生物化学、微生物学、微生物与免疫学、分子生物学、药理学、药物化学、药物分析、药剂学、基因工程原理等。

以中国药科大学为例，生物制药专业的基础课：高等数学、普通物理、无机化学、物理化学、分析化学、有机化学、生物学、生物化学、微生物学、分子生物学。生物制药专业的专业课：生物制药工艺学、制药生物技术、化工原理、生物制药设备、工程制图、抗生素、发酵工艺原理、生理药理学、药剂学、生物药物分析、免疫学技术。

课程包括：生物化学、微生物及免疫学、药理学、天然药物化学、发酵工程工艺、药物制剂技术、生物药物分析与检测技术、制药设备和分离纯化技术、动物组织培养和生物制品技术、生物制药工艺、药事管理等 。

2023年生物制药专业的课程有药用基础化学，生物化学，生物学基础，微生物，分子生物科技术仪器分析，实用药物学基础，安全生产知识