南方医科大学和南京医科大学都是省部共建医科大学，都还不错，实力不相上下。单纯看重点学科的话：南方医科大学的国家重点学科是人体解剖与组织胚胎学、内科学（消化系病）、中西医结合临床，国家重点学科（培育）是病理学与病理生理学、外科学（骨外）。南京医科大学的国家重点学科是内科学、劳动卫生与环境卫生学、药理学，国家重点学科（培育）是病理学与病理生理学，比南方医科大学少一个。

这两个学校，真的没法比较。

南方医科大学比南京医科大学好，首先南方医科大学是原来的第一军医大学，教学和科研都是一流的，高考录取分也很高，南京医科大学也很好，两所学校各有千秋。