江南大学生物工程学院的渊源是建于1952年的南京工学院发酵工程专业，是我国同类学科领域中最早设立的学科点。学院下设生物科学系、发酵工程系、生物制药系、生物化工系和环境科学与工程系。其中，发酵工程学科为国家级重点学科、江苏省十一个“重中之重”学科之一，是国内首批硕士学位授予点、最早的博士学位授予点之一。