南京部级大学包括南京大学、东南大学、南京航空航天大学、南京理工大学、河海大学、中国药科大学等，这些学校在各自的领域内都有着较强的实力和声誉。

南京邮电大学

南京财经大学

南京航空航天大学

南京理工大学

南京工业大学

南京医科大学