淡水生态系统的生物净化作用主要是通过水体中的细菌、真菌、水草、原生动物、贝类、昆虫幼体和鱼类等生物完成的。其中细菌起主导作用。通常用五日生化需氧量(BOD5)和化学需氧量(COD)及总有机碳(TOC)和BOD5这两组参数比值作为衡量水体中生物降解有机物污染的综合指标。

温度、营养物质比例（包括碳氮比、pH值和溶解氧是影响水体自净作用的主要环境条件。水体生物净化的原理已被广泛应用于各种类型的氧化塘，土地处理系统，以及各种生化处理污水的环境生物工程技术中。

生物净化 技术是指利用微生物的新陈代谢活动，将有害物质作为营养物质被微生物吸收、分解和利用，使之氧化为最终产物，从而去除有害物质，最终实现无臭化、无害化的方法。

一般认为，物理化学方法投资大，能耗高，易产生二次污染等缺点，无论从经济角度，还是从技术角度上来讲，生物净化技术都有其他方法不可比拟的优势，因此备受人们的青睐，己成为污水治理的一项主要净化技术。