如果是大学军训扣分了有可能会影响毕业。但不同学校规定不同，有些学校没有军训成绩，是不给毕业证的，但有些学校可以在别的地方补回来，只要学分满了就可以毕业，不同的学校情况不同，具体可以咨询学校的老师。

平时学分就会比其他的同学低，学校的各种奖项会有关也关系到毕业。