云南省环境科学研究院原名云南省环境科学研究所，1976年6月开始筹建，1981年10月正式建成。

2004年4月经云南省机构编制委员会办公室批准，更名为云南省环境科学研究院，是云南省综合性环境科学研究机构，隶属于云南省环境保护厅，为全额拨款的正处级科研事业单位。