山东农业大学有六个专业在全国专业排名中，位居前十名，这六个专业分别是：植物保护学、农业资源与环境、园艺学、林学、作物学、兽医学六个专业。山东农业大学在全国高校排名140位，其中在农业类大学中，排名13位。

山东农业大学最好的专业包括动物科学、农学、园艺、植物科学与技术、生物技术、植物保护、蚕学、农业资源与环境、动物医学、农业机械化及其自动化，这些专业都是国家级特色专业，而且都招收理科生