有区别。

清华大学有清华大学医学院还有一个清华大学（协合）医学院。两个大学院高考都是清华大学。

但毕业证书上清华大学医学院是清华大学证书。而清华大学（协和）医学院毕业证书上是清华大学协和医学院毕业证书。

而现在北京协和医院设置了协和医学院。以后是否会自已招生还不确定。试目以待。

区别如下：

第一，名称不一样，分别是清华大学医学院和北京协和医学院，

第二，他是两个机构，清华大学医学院属于清华大学管理，北京协和医学院是单独的一所医院，也是一所科研机构。