2000年，复旦大学与上海医科大学合并。目前，学校拥有哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、医学、管理学、艺术学、交叉学科等12个学科门类；2021年，学校20个学科入选第二轮“双一流”建设学科，比首轮增加3个入选学科。

北京大学合并了北京医科大学，复旦大学合并了上海医科大学，上海交通大学合并了上海第二医科大学，四川大学合并了华西医科大学，中山大学合并了中山医科大学