有动物工程系、生物工程系、信息工程系、机械工程系、电气工程系、基础部等6系1部，开办26个大专专业，形成了以生物工程类专业为特色、农林牧医类专业为优势、机电信息类专业为支撑的专业结构。

有2个中央财政支持专业（畜牧兽医、园林技术）、1个江苏省重点专业群（生物技术及应用专业群）、3个牵头服务徐州“四大千亿元产业”重点专业（园艺、园林、生物制药）、1个徐州市重点实验室（现代农业生物技术实验室）、1个中心（徐州市风景园林工程研究中心），13个省市品牌、特色和示范专业。

徐州生物工程职业技术学院有现代农业技术、园艺技术、植物保护与检疫技术、园林技术、动物医学、畜牧兽医、宠物医疗技术、宠物养护与驯导、环境监测技术、环境工程技术、建筑室内设计、工程造价等专业