食品科学技术学院成立于2005年1月，是河南农业大学重点建设的学院之一。

1987年，经国家教委批准，在农学系设农产品贮运与加工专业，并于1988年开始招生。

1994年11月，学校进行专业调整，撤系建院，成立生物工程学院。

2001年12月，撤销生物工程学院，成立生物技术与食品科学学院和植物保护学院。

2005年1月，学校根据专业发展的需要，成立食品科学技术学院。