良渚博物院分为室内和室外两个部分。室内部分主要介绍良渚文化的历史演变和精华展示，包括珍贵的文物、器物和图像等，记得要耐心听导游的解说，深入了解古城遗址的历史。

室外部分以“同文共享”为主题，记录古代不同文明间的交流和融合，让游客领略到良渚文化的博大精深，同时也能够欣赏到古城壕堑、神龟长堤等古代建筑遗迹。

良渚博物馆的展览，分为三个部分:先民生活、城邑文明和祭祀文化。

2017年8月，根据良渚遗址和良渚文化最新考古成果，良渚博物院基本陈列改造升级。

2018年6月，重新对外开放